La sécheresse dans les rivières entraine une perte des habitats de bordures et des habitats peu profonds. À mesure que les débits diminuent, la qualité de l’eau se dégrade. Si le phénomène s’accentue, le débit peut simplement s’arrêter. Avec des débits faibles ou nuls, des conditions défavorables s’intensifient telles que des températures élevées, des faibles teneurs en oxygène et de la compétition entre espèce.
En fonction des sécheresses, le poisson peut changer d’habitats habituels et, avec des débits réduits, ils se déplacent vers des trous d’eau refuges. Une mortalité de poissons se produit à la fois dans ces trous isolés ainsi que dans des rivières à faible débit avec des températures trop élevée. Dans les mouilles refuges, une forte prédation par les prédateurs terrestres et aquatiques peut se produire par les hérons, cormorans, sanglier…. De plus, les niveaux de parasitisme augmente et cause la mort des poissons. Enfin, une compétition entre les poissons pour les habitats et l’alimentation peut s’opérer. Dans certains cas, la sécheresse favorise certaines espèces en éliminant leurs prédateurs potentiels. C’est le cas de la truite qui régresse en faveur du barbeau méridional.
Les populations de poissons dans les cours d’eau en amont sont plus résistantes aux contraintes de la sécheresse que les populations de poissons dans les cours d’eau en aval.
Dans les cours d’eau situés en amont avec un débit d’eau s’asséchant, la migration est le principal moteur de la capacité à recoloniser le milieu. Cela dépend toutefois d’une continuité écologique intacte et d’une bonne capacité de dispersion du poisson. Lorsque la continuité a été affaiblie ou brisée par des seuils, barrages ou autres ouvrages, la capacité de recolonisation des poissons est retardée ou compromise.
Il faut savoir que les sécheresses peuvent agir comme une force de sélection dans l’évolution des populations de poissons. En effet, les poissons résistants et survivant vont transmettre leurs gènes aux futures générations qui seront-elles mêmes résistantes.
En conclusion générale, il semble que les assemblages de poissons qui habitent les cours d’eau à forte variabilité hydrologique et à périodes estivales sèches sont capables de faire face à des sécheresses saisonnières. Cependant, il y a quatre conditions à cette conclusion: que la connectivité ne soit pas perturbée par des barrières humaines tel que les barrages et seuils; que les cours d’eau ne soit pas pollués; que les habitats refuges soient présents pour les différentes espèces; et que la sécheresse ne soit pas de trop longue durée.